Paton dut partir le 16 mai 1863 pour les Îles Britanniques. La traversée fut terrible. Le vaisseau faillit être incendié par la foudre dans une effroyable tempête. Notre missionnaire fut assez grièvement blessé ; mais bientôt guéri.
On lui fit en Écosse la plus cordiale réception. Afin de lui témoigner sa haute estime, l’Église Réformée Presbytérienne le nomma Modérateur de la Suprême Court, la plus haute distinction qu’elle pût conférer. Il visita les Églises et les Ecoles du dimanche afin de susciter de nouveaux missionnaires et de recueillir des fonds pour l’entretien du Dayspring. Le travail fut rude. Notre vaillant quêteur eut un pied gelé pendant une nuit passée sur le pont d’un vapeur du nord de l’Écosse ; il en fut infirme pendant plusieurs mois. Son pied avait perdu toute sensibilité, et les médecins ne voyaient pas d’autre remède que l’amputation ; mais Dieu le guérit sans que l’on pût comprendre comment.
A partir de cette campagne, les enfants des Ecoles du dimanche d’Écosse fournissaient 43 500 € par an pour l’entretien du vaisseau missionnaire, et ceux de la Nouvelle-Écosse en fournissaient autant. Ceux d’Australie fournirent le reste, c’est-à-dire environ 216 000 €, car il fallait annuellement environ 300 000 € pour l’entretien du vaisseau : équipage, approvisionnements, voyages, etc…
Sept nouveaux missionnaires, quatre d’Écosse et trois de la Nouvelle-Écosse, s’enrôlèrent dans la Mission, de sorte que les postes abandonnés purent être repris et qu’on put entreprendre l’évangélisation de nouvelles îles.
Avant de quitter l’Écosse, en 1864, Paton se mariait avec Mlle Marguerite Whitecross, femme distinguée dont les lettres réunies en un volume sont très appréciées.
De retour en Australie, en janvier 1865, Paton dut parcourir de nouveau tout le pays, visiter toutes les Églises et toutes les Ecoles du dimanche pour obtenir la donation annuelle de 216 000 € dont nous avons parlé. De pareilles tournées n’étaient pas peu de chose : il dut passer 250 jours dans la seule province de Victoria, y tenir 265 réunions, visitant ainsi 180 églises et autant d’écoles du dimanche, et recommencer le même travail dans chaque province.
En 1862, l’Assemblée générale de Victoria avait adopté la Mission des Nouvelles Hébrides. En 1866, ce fut Paton lui-même qui fut cédé par l’Écosse aux Églises Presbytériennes d’Australie, comme leur premier missionnaire aux Nouvelles-Hébrides.
Nous ne pouvons suivre notre missionnaire dans toutes ses pérégrinations : nouveau voyage en Australie, séjour à Maré, à Nouméa, etc. Notons seulement quelques-uns des faits principaux. Dans chacun de ses séjours en Australie, Paton s’occupa des aborigènes de ce continent. Son ardente charité le portait vers ces pauvres créatures. Le célèbre prédicateur Charles Kingsley avait affirmé qu’ils n’étaient que de « pauvres brutes à face humaine incapables d’accepter l’Évangile de Jésus-Christ et d’être régénérés. » Par la douceur et l’affection, offrant toujours de payer ce qui était juste, Paton obtint de ces indigènes quelques-unes de leurs idoles qu’aucun blanc n’avait encore vues ; puis il les produisit comme preuves que dans les races humaines les plus dégradées le besoin d’un Dieu persiste, ce qui ne se rencontre pas chez la brute. La conversion au christianisme de nombreux noirs d’Australie était là, du reste, pour montrer leur aptitude à recevoir l’Évangile. Paton a reçu d’une chrétienne aborigène les lettres les plus touchantes. Il a visité leurs villages chrétiens, rangées de charmants cottages, propres et bien tenus, qui en disent assez pour qui veut comprendre. Il a prêché dans leurs églises, où l’harmonium était tenu par des femmes indigènes, et jamais il n’a eu d’auditoires plus attentifs. Par deux fois, l’une de ces églises lui remit 750 € collectés pour la Mission, sans qu’il eût rien demandé.