L'Empereur Constant étant mort bientôt après, ceux qui disposaient comme il leur plaisait de l'esprit de l'Empereur Constance son frère, lui rappelèrent dans la mémoire le différend qui avait été entre eux à l'occasion d'Athanase, et le peu qu'il s'en était fallu qu'ils ne fussent venus à une rupture ouverte, et à une guerre civile. Constance étant trompé par ces discours commanda qu'on fît mourir Athanase comme un scélérat, et envoya pour cet effet Sébastien avec des gens de guerre. Ce saint Évêque qui courut en cette occasion un grand hasard, et qui l'évita par le plus grand bonheur du monde, nous expliquera mieux que personne de quelle manière il s'échappa d'entre les mains des soldats qui le cherchaient. Voici comme il en parle dans l'Apologie qu'il a faite pour justicier sa retraite.
« Qu'ils s'informent de la manière dont je me suis retiré, et qu'ils l'apprennent de ceux de leur parti. Il y avait des Ariens qui étaient entrés avec les soldats tant pour les animer contre moi, que pour me montrer à eux. Si le récit que je ferai de ce qui se passa alors ne leur donne de la compassion, il leur donnera au moins de la honte. La nuit étant déjà commencée, et une partie du peuple étant demeurée dans l'Église pour y attendre l'heure de l'assemblée, un Commandant arriva à la tête de plus de cinq mille hommes, qui avaient l'épée à la main, des traits, des flèches, et des massues. Il fit investir l'Église de peur que personne n'en sortît. Comme je ne croyais pas pouvoir abandonner le peuple au milieu d'un si horrible désordre, mais plutôt devoir m'exposer au danger pour son salut, j'ordonne de ma chaise où j'étais assis que le Diacre lût un Psaume, et que le peuple répondît : Sa miséricorde demeure éternellement, et qu'ensuite chacun retournât chez soi. Mais les gens de guerre étant entrés dans l'Église, et ayant entouré l'Autel pour se saisir de moi, les Ecclésiastiques, et les Laïques qui étaient demeurés m'exhortèrent à me retirer. Je refusai de le faire, et protestai que je ne sortirais point que tous les autres ne fussent sortis avant moi. M'étant levé, et ayant fait dire une oraison je priai le peuple de sortir, et je dis qu'il valait mieux que je demeurasse dans le danger, que non pas qu'aucun souffrît le moindre mal. Lorsque la plus grande partie du peuple fut hors de l'Église, comme le reste suivait, les Moines et les Ecclésiastiques qui étaient avec moi m'emmenèrent. Je prends à témoin Dieu qui me conduisit, et qui me garda, que je passe au milieu des Soldats qui entouraient l'Autel, et qui marchaient le long de l'Église. Nous sortîmes de la sorte, sans être aperçus, louant Dieu et le remerciant de ce que nous n'avions point abandonné le peuple, mais de ce que l'ayant mis en sûreté, nous avions ensuite évité de tomber, entre les mains de ceux qui nous cherchaient. »