Si la doctrine apostolique est très précise, l’organisation ecclésiastique était extrêmement souple.
1. Les églises. Les diverses églises locales semblent avoir été indépendantes les unes vis-à-vis des autres. Leur unité était basée sur l’intérêt mutuel (Romains 1.8) et non sur une organisation administrative. Elles se soutenaient mutuellement par des dons financiers parfaitement libres et spontanés.
2. Les ministères. On ne sait pas le nombre de ceux qui ont porté le titre d’apôtre. Il est donné une fois à Barnabas (Actes 14.14). En tout cas, les douze avaient une place à part (Matthieu 19.28 ; Apocalypse 21.14), et Paul était certainement sur le même pied qu’eux (2 Corinthiens 11.5). C’est à eux qu’incombait la tâche de formuler la doctrine chrétienne. Ils n’ont pas désigné de successeurs à ce point de vue.
A côté du titre d’apôtre, nous en rencontrons d’autres dans le Nouveau Testament : les prophètes, hommes et femmes, édifiaient les assemblées au nom de Dieu, parfois en prédisant l’avenir (Agabus). Leurs paroles n’étaient pas considérées comme infaillibles (1 Thessaloniciens 5.20-21) et ils ne les prononçaient pas en transes, mais en pleine possession de leurs facultés (1 Corinthiens 14.32). Les évangélistes, comme Philippe, annonçaient l’évangile à ceux qui ne le connaissaient pas. Les pasteurs avaient la tâche de paître les chrétiens, de les encourager, de les reprendre, de les conseiller. Les docteurs devaient les instruire. Le titre d’ancien semble avoir été donné à tous ceux qui exerçaient ces diverses fonctions. Le mot presbyteros a donné prêtre par une déviation regrettable du sens ; mais l’ancien dans l’église primitive n’avait aucune fonction sacerdotale, ou plutôt tous les chrétiens étaient prêtres. Les anciens semblent aussi avoir été appelés évêques (surveillants) (Tite 1.5-7 ; Actes 20.17, 28). Les diacres, hommes et femmes, s’occupaient surtout des soins à donner aux pauvres. Une place officielle dans l’église semble avoir aussi été faite à certaines veuves.
Enfin, à côté de ces ministères réguliers, certains chrétiens avaient des dons miraculeux qu’ils exerçaient pour le bien des communautés, dons de guérison, des langues, d’interprétation ; les ministères miraculeux ont progressivement perdu de l’importance déjà à l’époque apostolique.
3. Le culte. Au premier siècle, nous ne trouvons pas de trace de bâtiment spécialement affecté au culte chrétien. On se réunissait dans des maisons particulières.
Au début, à Jérusalem, le culte était célébré tous les jours (Actes 2.46-47). Dans la suite, on a pris l’habitude de se réunir de préférence le premier jour de la semaine, qui rappelait la résurrection (Actes 20.7 ; 1 Corinthiens 16.2 ; Apocalypse 1.10).
Une grande spontanéité caractérisait le culte de l’Eglise primitive. On chantait les psaumes et des cantiques (sans doute composés par les chrétiens). On priait à haute voix, l’assemblée s’associant à la prière par l’amen (1 Corinthiens 14.16). Ceux qui s’y sentaient poussés pouvaient adresser une parole d’exhortation ou d’enseignement. Sans doute les prophètes et les docteurs prenaient-ils la parole plus souvent que d’autres. D’ailleurs la liberté qui régnait n’empêchait pas l’ordre et la bienséance.
Deux rites institués par Jésus-Christ étaient célébrés : le baptême, signe du pardon des péchés, du renoncement à la vie mauvaise et de la résurrection en nouveauté de vie, qui était administré à ceux qui entraient dans l’église après avoir cru ; et la sainte cène, signe de la communion spirituelle avec le Christ, célébrée d’abord après un repas fraternel ou agape, puis pour éviter des désordres, administrée comme une cérémonie isolée.
4. Morale et discipline. Les premiers chrétiens se distinguaient par leur vie sainte du monde environnant. Cependant, dès le début, il y a eu dans le sein des églises des membres indignes. Les premiers parmi eux ont été frappés directement par Dieu (Actes 5.1-11 ; 1 Corinthiens 11.30). Dans la suite, les chrétiens ont dû eux-mêmes exercer la discipline. Le membre d’église infidèle était d’abord averti, sans doute à plusieurs reprises, puis, s’il ne s’amendait pas, dénoncé publiquement et les fidèles devaient couper toute relation avec lui (Matthieu 18.15-17 ; 1 Thessaloniciens 5.14 ; 2 Thessaloniciens 3.14-15 ; 2 Jean 1.10-11). Cette mesure n’était prise que s’il y a avait péché grave ou erreur doctrinale importante. Pour les questions accessoires ou douteuses le support était recommandé (Romains 15.1).
Certains usages contraires à l’esprit de l’Evangile n’ont pas été proscrits. Ainsi nous ne trouvons rien dans le Nouveau Testament contre l’esclavage, les jeux de cirque, etc. Les apôtres n’étaient pas des réformateurs sociaux. Cependant l’influence tacite de l’Evangile a tendu, peu à peu, à faire sauter les vieux cadres de la société païenne.