1. L’inquisition épiscopale. Devant le succès des Albigeois, l’Eglise catholique sentit la nécessité de créer des tribunaux spéciaux, pour rechercher et condamner les hérétiques. D’abord les évêques furent chargés de ce travail, et pour cela on mit des juges ecclésiastiques ou inquisiteurs à leur disposition. Mais les évêques ne déployèrent guère de zèle dans ce domaine.
2. L’inquisition papale. Aussi, dès le milieu du XIIIe siècle, le pape prit-il directement le contrôle du mouvement : les inquisiteurs furent envoyés par lui et responsables devant lui.
Ceux qui étaient soupçonnés d’hérésie étaient interrogés sur les subtilités du dogme catholique ; pour leur arracher des aveux ou leur faire dénoncer des complices, on les soumettait à la torture. Ceux qui avaient été convaincus d’hérésie étaient frappés de peines ecclésiastiques (pénitence, amende honorable) et s’ils n’abjuraient pas, livrés au bras séculier pour être brûlés vifs. Les femmes étaient, de préférence, enterrées vives. Ceux qui échappaient une première fois au supplice étaient étroitement surveillés ; s’ils retombaient dans l’hérésie, ils étaient déclarés relaps ; et même l’abjuration ne pouvait leur épargner la mort.
L’inquisition papale a rencontré dans bien des pays une forte opposition de la part des souverains, qui y voyaient un empiètement sur leurs prérogatives. Dans le Midi de la France et en Italie, elle a sévi d’une manière atroce pendant bien des années.